Ziele der Tätigkeit der Kontrollstelle sind die Erhaltung der Integrität und des Rufs des Finanzplatzes Schweiz und die Sicherstellung der lauteren Erfüllung seiner volkswirtschaftlichen Funktionen.
Angesichts des hohen Anteils von Finanzintermediären an der Beschäftigung und am Sozialprodukt ist die Erhaltung der Integrität und des Rufs von eminenter Bedeutung. Gelder krimineller Herkunft setzen falsche Anreize und reduzieren die Transparenz. Ziel der Aufgaben der Kontrollstelle ist die Sicherstellung der einwandfreien Umsetzung der im Gesetz verankerten Pflichten der Finanzintermediäre. Damit leistet die Kontrollstelle einen wichtigen präventiven Beitrag zur wirksamen Bekämpfung der Geldwäscherei.
Zur Wahrung seiner Integrität muss der Finanzplatz Schweiz über hohe rechtliche, professionelle und ethische Standards verfügen. Deren Sicherstellung ist sowohl für das Erfüllen der volkswirtschaftlichen Funktion als auch für das Selbstverständnis der Schweiz als internationaler Partner von zentraler Bedeutung. Ein integrer Ruf ist zudem einer der wichtigsten Wettbewerbsfaktoren der Banken und der übrigen Finanzintermediäre.
Wenn Erträge und Vermögen aus kriminellen Aktivitäten ohne grössere Hindernisse über verschiedene Finanzintermediäre übertragen werden können, werden letztere selber Teil des kriminellen Netzwerks. Indirekt unterstützen sie die kriminellen Organisationen. Das Problem der Geldwäscherei hat nicht nur eine strafrechtliche Komponente, sondern erstreckt sich auch auf die Volkswirtschaft als Ganzes. Das organisierte Verbrechen kann sich selbst in das Finanzsystem einschleusen und Kontrolle über weite Bereiche der wirtschaftlichen Aktivität durch Investitionen oder durch Bestechungsgelder an öffentliche Behörden erhalten. Es hat letztlich eine negative Wirkung auf die Haltungen sowohl anderer Finanzintermediäre als auch ausländischer Behörden und Kunden.